Por las actas de 1576 se deduce que aún antes de su erección canónica la Cofradía ya celebraba la Fiesta del Dulce Nombre de Jesús. Fiesta en la que además de rendirse culto a la imagen titular debía tributarse algún culto a una imagen del Niño Jesús. Independientemente de esta Fiesta, celebraba la Cofradía otras muchas a lo largo del año, como resultado de la intensa devoción de que gozaba el Dulce Jesús de San Andrés.
Durante muchos años la procesión se celebró en la tarde del Jueves Santo, tras haber confesado y comulgado los hermanos. Las actas del siglo XV resultan preciosas por su capacidad para evocar lo que estas procesiones del Jueves Santo debieron suponer: los hermanos confesaban y comulgaban por la mañana en la iglesia conventual, a primera hora de la tarde recogían al Hermano Mayor en su domicilio –se tuvo que llegar al extremo de prohibir que se jaleara a dicho Hermano Mayor: tal era la emoción de los cofrades–, entraban por una de las puertas laterales en el convento de San Andrés y tras una procesión claustral, iniciaban la procesión por las calles de la ciudad. Durante su recorrido realizaba estación de penitencia en diversos conventos y monasterios de la ciudad (era obligada la presencia en los conventos de monjas dominicas de La Coronada y de Las Cadenas y en el de franciscanas de Santa Clara, pues la monjas eran hermanas de la cofradía), en los que, dada su preeminencia, era recibida por las corporaciones conventuales en pleno.
La procesión salía de la iglesia de San Andrés encabezada por el alférez de la cofradía, que portaba el Pendón de Jesús. Seguían al alférez largas filas de penitentes, que se dividían en dos grupos: los hermanos de luz, que vestían túnicas moradas –sin ningún tipo de adorno– con sogas al cuello y portaban hachas de cera, y los hermanos de sangre que –ataviados con túnicas blancas para resaltar su penitencia– se azotaban con disciplinas mientras entonaban el salmo del Miserere. Y en el centro del guion las imágenes de Jesús Nazareno –seguido por un palio de respeto que se utilizó hasta comienzos del siglo XX–, la Virgen de los Dolores, San Juan y la Mujer Verónica.
La presencia de la Virgen de los Dolores –la cofradía adquirió una imagen nueva de la Virgen María al poco de llegar a San Andrés, en 1578– y de San Juan en la cofradía está documentada desde el mismo siglo XVI. Tras los acontecimientos de 1638 la Cofradía pasaría a procesionar las imágenes de la Virgen María y San Juan procedentes de la hermandad de los Nazarenos, del convento de la Trinidad. La Verónica, por su parte, debió incorporarse a la procesión ya mediado el siglo XVII. Todas estas imágenes también fueron destruidas al inicio de la Guerra Civil Española.
Los hermanos de Jesús se reunían el Sábado Santo para proceder al enterramiento de los ajusticiados, hecho que realizaban en la puerta del monasterio de San Andrés y en los soportales de la Virgen de la Yedra, en la calle de la Cárcel. Se desconoce hasta cuando se mantuvo esta costumbre.
El año 1638 marca un punto de inflexión en la historia de la cofradía de Jesús Nazareno. En ese momento la cofradía del Dulce Nombre atravesaba graves problemas por falta de hermanos – duro debía ser soportar el azote –. Mientras, florecía en el convento de La Trinidad la cofradía de Jesús Nazareno y Santa Elena, fundada a finales del siglo XVI y conocida como de los nazarenos. Un sector de esta última cofradía tuvo problemas con los trinitarios y se produzco el acercamiento entre ambas hermandades, llegándose a un acuerdo de fusión en el mes de agosto. El acuerdo determinaba que en años alternos se procesionarían las imágenes del Dulce Nombre y el Jesús Caído de la cofradía de La Trinidad – finalmente se procesionó sólo el Dulce Jesús de San Andrés, por la gran devoción que despertaba en la ciudad – y que se procesionaría al amanecer del Viernes Santo, como hacía la cofradía de Santa Elena. La imagen del Jesús Caído de los Nazarenos de La Trinidad fue vendido poco después de la fusión de las hermandades. La cofradía de San Andrés, además de imponer sus estatutos y su imagen, impuso su sede e hizo que prevaleciesen sus atributos y símbolos: pendón, monograma de Jesús, trompetas. Desaparecieron los flagelantes –auténtica reminiscencia medieval de la cofradía del Dulce Nombre– y se hicieron habituales en la procesión los hermanos con cruces que aportó la cofradía de la Trinidad.
Esta fusión permitiría a la cofradía transitar por los siglos con una estabilidad desconocida por las demás cofradías ubetenses, mientras la imagen de Jesús Nazareno seguía concitando los más grandes fervores colectivos. Y así, junto a la Virgen de Guadalupe, fue llevada al Hospital de Santiago en devota procesión el 15 de octubre de 1681 para agradecer su intercesión milagrosa en el fin de la epidemia de peste, en uno de los milagros más famosos de la historia de la ciudad. Muestra de la devoción con que ha contado a través de los siglos esta imagen de Jesús, es el sobrenombre que lleva: llamado de las Aguas, porque en tiempos de sequía concedió el privilegio de la lluvia.