Desde 1881 se iniciaría un crecimiento imparable de la cofradía de Jesús. En los últimos años del siglo XIX y principios del XX la Cofradía acomete importantes empresas y se procede, en 1908, a la fijación de la procesión de manera muy parecida a como hoy se la conoce. En esa fecha se acuerda que los hermanos vuelvan a procesionar con capirote y con la cara tapada (hasta ese momento, y posiblemente desde el reinado de Carlos III, venían haciéndolo con un capuz que dejaba la cara descubierta) y se suprimen los cuatro pasos que formaban la procesión, reuniendo en un solo trono las imágenes de la Virgen María, San Juan y la Verónica.
Durante el mandato de Fernando Martínez Herrera, entre 1907 y 1933, la cofradía se consolidaría como la más importante de las existentes en la ciudad, en un periodo que ha dado en llamarse como edad de oro de la cofradía morada. La importancia de la cofradía se mostraría en las importantes personalidades que ocuparon la presidencia honorífica de la misma durante largos años: el General Leopoldo Saro y el capuchino Fray Antonio de Úbeda.
La llegada de la IIª República Española implicó que la procesión dejase de celebrarse en 1933 y 1936. Precisamente este año marcaría la mayor catástrofe en la historia de la cofradía, superior incluso a la que supuso el peregrinar de sedes del siglo XIX. Entre finales de julio y comienzos de agosto de 1936 es asaltada por elementos incontrolados la Iglesia de Santa María de los Reales Alcázares y las imágenes de la cofradía, junto con multitud de obras de arte y de otras imágenes, son pasto de las llamas. Desaparecen también sus tronos y muchos de sus cofrades son asesinados. Logró salvarse, no obstante, una parte considerable de su patrimonio histórico y la cofradía vivió durante tres años en completa clandestinidad.
Finalizada la Guerra Civil Española la Cofradía se ve obligada a partir prácticamente desde cero, encargando nuevas imágenes y superando todo tipo de dificultades para poder procesionar dignamente en la mañana del Viernes Santo a partir de 1941. Superados estos problemas iniciales, la Cofradía disfrutará de un crecimiento paulatino que culminó con los actos conmemorativos del IV Centenario de la Fundación, en 1977, momento en el que Jesús Nazareno capitalizó el inicio del impulso actual de la Semana Santa de Úbeda. En la actualidad cuenta la Cofradía con casi 2.200 cofrades, de los que participan el Viernes Santo en la procesión más de 1.000, a los que hay que sumar la gran cantidad de devotos que vestidos de paisanos procesionan detrás del guion de la Cofradía en cumplimiento de promesas hechas a Jesús.